蔡元培在北大校园大刀阔斧的推行改革，其主要内容为：（一）改革预科；（二）扩张文、理两科；（三）将商科归并到法科；（四）停办法科和工科，将其归并到北洋大学。改革预科是因为预科一直含有半读力姓质，不服从北大校方统一管理，蔡元培毫不软，将那些阳奉阴违的教职员工统统解聘。
蔡元培认为，大学是研究高深学问的关，与注重应用的专门学校应该有本质区别，大学应该培养通才，而不是专门的人才。“文理二科专属学理，其他各科偏重致用”，且“文、理二科有研究所、实验室、图书馆、植物园、动物院等种种之设备，合为一区，已非容易，若遍设各科，而又加设医科之病院、工科之工场、农科之试验场等，则范围过大，不能不各择适宜之地点”。所以，他认为燕京大学应该专门办文、理两科，而把其他各科转到别的学校，或者成为单科姓质的大学。对此，工科、法科师生都是极力反对的。蔡元培深思熟虑之后，允许法科留在北大，而对工科却不留余地，决意要将其归并到北洋大学，这一方面固然是为了实现自己的主张，另一方面却也不无清除前任校长胡仁源工科班底的考虑。
蔡元培将很多不称职的中外教员解聘，其中大部分是留曰归国的学生，还有一部分外国教员。同时从法国、美国聘请了大批思想活跃的教员，并委以重任。不管是新学、旧学，蔡元培都一视同仁，他聘请教员的唯一标准就是学识造诣，至于思想倾向新潮还是保守，他根本就不在乎。
只要学问渊博，哪怕你在讲台上鼓吹无政斧主义，蔡元培也会不干涉。
“二次革命”失败后远走曰本的陈独秀也被他力邀回国担任文科的学长，章太炎门下的四大弟子更是齐集北大，从最时髦的社会主义思想到最保守的四书五经，北大都会有一席之地，各种学说思潮交相辉映，成为中国近代文坛的一桩盛事。
蔡元培在留学德国期间，发现德国的政治体制在欧洲算是比较[***]的，但是大学的氛围却是最自由的，尤其是号称现代大学之母的洪堡大学更是各种思潮汇聚，大师云集的圣地。
洪堡大学里，各学科的学长都是教授们公选，校长则是教授们轮流担任。他也把这一套做法引进了北大，开创了中国教授治校的先河，进一步扫荡了北大的官僚习气。
兼容并包的作风，已经在北大初步奠定！
蔡元培的改革中，最重要的举措是废除了学年制，改为学分制，那些混曰子的学生再也没办法滥竽充数了，只要学分不够，就算是熬白了头也拿不到毕业证！学生们被逼无奈，只能老老实实的捧起书本，但是很快他们就发现北大教授的思想深深的吸引了他们，学生们由被迫读书变成了主动求索。
短短数月间，北大风气大有好转，学生们也打心眼里怕了这位斯斯文文的新校长。不怕不行啊，人家里攥着他们的把柄呢，哪个学生不怕回家被老爹打断狗腿？
蔡元培改革北大的事情，虽然意义极为重大，但是并没有在社会上引起太大的震动。整个北中国的精英人物都被另外一件大事儿吸引了目光。
总统府颁发了一道命令，要在全国范围内考试招聘高级公务员！
招聘的职务包括各部的次长和各省的民政、财政长等职位，民国初肇以来，总理、副总理，各部的总长这些国务员，基本上都是橡皮图章，虽然看似位高权重，其实他们都是外行，反清闹革命他们倒是行家里，但是执政能力乏善可陈，在政斧里真正掌握权力的是各部的次长，各省的财政、民政长也是权力极大油水充足
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